La Réserve Naturelle s'est dotée en 1998, d'un plan de gestion approuvé par le Ministère de l'Aménagement du Territoire et de l'Environnement.
Celui-ci définit les objectifs, les priorités de protection, de préservation et d'action pour les années à venir. L'objectif final est la réintroduction du lamantin.
D'autres objectifs ont été définis, relatifs à :
- la conservation du milieu
- l'accueil du public et la pédagogie
- la recherche
Représentation des objectifs à long terme relatifs à l'accueil du public, à la pédagogie et à la recherche
Accueil du public Favoriser l'appropriation de la Réserve Naturelle par la population
Pédagogie Susciter des comportements respectueux de l'environnement en développant un important volet pédagogique destiné aux visiteurs et aux décideurs
Réserve naturelle
Recherche Intégration dans un réseau régional ou international de certains dispositifs ou protocoles d'observations et de suivis à long terme
Traiter et supprimer la pollution
Réserve de la biosphère Aire Centrale
Zone Tampon
Aire de transmission
Représentation des objectifs à long terme relatifs à la conservation du patrimoine
Îlet à Fajou - Restaurer les potentialités d'accueil des pontes de tortues marines
- Maintenir les populations endémiques de Râles gris
- Sauvegarder les herbiers de phanérogames marines
- Sauvegarder l'écosystème récifal
Îlet de Carenage Maintenir la nidification des sternes
Îlet de la biche Maintenir la nidification des hérons
La Grande Rivière à Goyaves Conserver les espèces aviaires migratrices
Traiter et supprimer la pollution de la grande rivière à Goyaves
Îlet Christophe Sauvegarder les herbiers de phanérogames marines
Littoral des Abymes Améliorer la qualité d'accueil pour l'avifaune migratrice
Traiter et supprimer la pollution
Sauvegarder la mangrove (zone de nurserie, reproduction et abri)